洁净车间的主要功能为室内污染控制，没有洁净室，污染敏感零件不可能批量生产。在FED-STD-2里面，洁净室被定义为具备空气过滤、分配、优化、构造材料和装置的房间，其中特定的规则的操作程序以控制空气悬浮微粒浓度，从而达到适当的微粒洁净度级别。
洁净车间按生产工艺划分为一般生产区、控制区和洁净区。一般生产指无洁净度要求的生产车间和辅助房间；控制区指对洁净度或菌落数有一定要求的生产车间和辅助房间；洁净区指有较高洁净度要求的生产车间。
在洁净车间的平面设计中，每个进入控制区的人口均有风淋室或气闸室，将生活区、一般生产区与控制区分隔开来。按卫生部GMP规范规定和生产工艺要求的净化级别，我们在洁净车间空调机入口及出口处分别设置了初效、中效或亚高效二级过撼装置，送风末端设置了亚高效或高效过滤器，静压箱和送风口根据工艺要求成组布置在顶棚上。
我们按洁净级别为10000级，换气次数取10-20 次／小时；1000级的换气次数取20-30次／小时；100级的则按控制风速计算送风量。如果一味地用增加换气次数，加大送风量来满足净化要求，势必加大空调机组送风量，提高主机的容量，增加能耗，况且净化效果也不尽如人意。洁净车间为此可以考虑在个别洁净度要求高的房间采用设置百级层流罩方案，加强局部的通风换气，达到净化要求。
具体做法是：将送风机和高效过滤器组成的机组形成一个局部的小的层流送回风系统。如果在这个机组下面再加上垂直挡壁至工作台面，形成一个局部层流罩，则效果就更佳了。空调回风系统设计中，回风口布置恰当与否，也是一个关键的问题。
以往有些洁净车间采用地面回风方式，无形中增加了菌落面积和死角，况且由于回风管要穿本层地面，洁净车间土建施工预留孔洞也较麻烦。洁净车间采用的回风方案是回风口双侧墙下布置，走廊集中回风，这样，气流流动均匀，菌落面积较小，调节灵活，施工方便。